Ｂ型肝炎は、その感染の形態によって経過が大きく異なる。
免疫反応が機能するようになったおとなの感染では、感染後自然治癒し抗体を獲得（不顕性感染）するか、急性肝炎を起こして２〜３ヶ月の後、治癒するかのいずれかの経過をたどる。
いずれもウイルスを完全に駆逐することができ、以後感染、再発することはない。

一方、乳幼児期に感染した、いわゆるキャリアは、免疫機能が整ってくると、自然に発症、気づかないうちに直ってしまう場合、発症後、治療により治癒する場合、慢性化し、肝炎が継続する場合がある。
治癒した場合でも、ウイルスを完全に駆逐することはできない。
＊女性では一生発症しないこともある。

■急性肝炎の治療

入院しての安静、点滴でビタミンやブドウ糖を補うのが基本的な治療となる。
特に、肝臓への血液の流れを多くするためにも、臥位が有効。ひたすら寝ていることである。
黄疸症状が消えれば、自宅での療養も可能である。
ごくまれに劇症化（死亡率８０％）することもあるので注意が必要。

■慢性肝炎の治療

肝炎が６ヶ月以上継続した状態を慢性肝炎といい、肝硬変、肝ガンへ移行する危険がある。

治療は、肝臓のダメージを抑えることと、ウイルスの駆除。
肝臓の保護には、ミノファーゲンなどのグリチルリチン製剤が使われる。

ウイルス駆除のひとつは、インターフェロン治療。
インターフェロンはウイルスに感染した際、生体を守るために体内で作られる蛋白質の１種。白血球やリンパ球などの免疫に関与している細胞から作られる物質で、ウイルスの増殖を抑える作用がありる。
このウイルスの増殖を抑える物質、インターフェロンを長期（６ヶ月）に渡って投与（注射）すると、３０％以上の効果があるとされている。
ただし、インターフェロンには、強い副作用があるので、慎重に投与しなければならない。

また、インターフェロンより成績がよいラミブジンも注目されている。
逆転写酵素阻害剤のラミブジンは、Ｂ型肝炎ウイルスのＤＮＡ合成を不可能にするものであるため、Ｂ型肝炎ウイルスの増殖を抑えるのに高い効果を発揮することができる。
こちらは経口薬のため、患者の負担が軽くて済むが、耐性ウイルスが出現することがあり、かえってウイルス量を引き上げてしまうこともあるので注意しなければならない。

慢性化した肝炎では、ウイルスを完全に駆逐することはできない。
そのため、治療の最終目的は、セロコンバージョン、ウイルスマーカーの中での、ｅ抗原の陰性化 e抗体の陽性化とする。
この状態でのＨＢＶ産生は非常に少なく、肝臓へのダメージもなくなるので、セロコンバージョンが達成できれば、一応治癒とみなし、経過観察を続け、再発を防止する。